全自動菌落計數系統，是種統計物品含菌數的有效方法。方法如下：將待測樣品經適當稀釋之后，其中的微生物充分分散成單個細胞，取一定量的稀釋樣液涂布到平板上，經過培養，由每個單細胞生長繁殖而形成肉眼可見的菌落，即一個單菌落應代表原樣品中的一個單細胞；統計菌落數，根據其稀釋倍數和取樣接種量即可換算出樣品中的含菌數。
全自動菌落計數系統計數和報告
1、操作方法：培養到時間后，計數每個平板上的菌落數。可用肉眼觀察，必要時用放大鏡檢查，以防遺漏。在記下各平板的菌落總數后，求出同稀釋度的各平板平均菌落數，計算處原始樣品中每克（或每ml）中的菌落數，進行報告。
2、到達規定培養時間，應立即計數。如果不能立即計數，應將平板放置于0－4℃，但不得超過24h。
3、計數時應選取菌落數在30~300之間的平板（SN標準要求為25~250個菌落），若有二個稀釋度均在30~300之間時，按國家標準方法要求應以二者比值決定，比值小于或等于2取平均數，比值大于2則其較小數字（有的規定不考慮其比值大小，均以平均數報告）。
4、若所有稀釋度均不在計數區間。如均大于300，則取稀釋度的平均菌落數乘以稀釋倍數報告之。如均小于30，則以低稀釋度的平均菌落數乘稀釋倍數報告之。如菌落數有的大于300，有的又小于30，但均不在30~300之間，則應以300或30的平均菌落數乘以稀釋倍數報告之。如所有稀釋度均無菌落生長，則應按小于1乘以低稀釋倍數報告之。有的規定對上述幾種情況計算出的菌落數按估算值報告。
5、不同稀釋度的菌落數應與稀釋倍數成反比（同一稀釋度的二個平板的菌落數應基本接近），即稀釋倍數愈高菌落數愈少，稀釋倍數愈低菌落數愈多。如出現逆反現象，則應視為檢驗中的差錯（有的食品有時可能出現逆反現象，如酸性飲料等），全自動菌落計數系統不應作為檢樣計數報告的依據。
6、當平板上有鏈狀菌落生長時，如呈鏈狀生長的菌落之間無任何明顯界限，則應作為一個菌落計，如存在有幾條不同來源的鏈，則每條鏈均應按一個菌落計算，不要把鏈上生長的每一個菌落分開計數。如有片狀菌落生長，該平板一般不宜采用，如片狀菌落不到平板一半，而另一半又分布均勻，則可以半個平板的菌落數乘2代表全平板的菌落數。
7、當計數平板內的菌落數過多（即所有稀釋度均大于300時），但分布很均勻，可取平板的一半或1/4計數。再乘以相應稀釋倍數作為該平板的菌落數。
8、菌落數的報告，按國家標準方法規定菌落數在1~100時，全自動菌落計數系統按實有數字報告，如大于100時，則報告前面兩位有效數字，第三位數按四舍五入計算。固體檢樣以克（g）為單位報告，液體檢樣以毫升（ml）為單位報告，表面涂擦則以平方厘米（cm）報告。
